Flamengo-SP x São José dos Campos FC

Na primeira fase os times jogam dentro dos respectivos grupos em turno e returno, classificando-se para a segunda fase os quatro com o maior número de pontos ganhos nos respectivos grupos. O campeão da Copa Paulista-2016 vai ser indicado a uma das vagas disponíveis à Federação Paulista de Futebol para a Copa do Brasil-2017 ou poderá optar pela indicação à vaga disponível para a Série D-2017 do Campeonato Brasileiro.